初入职场的秦明（张耀 饰）为了调查母亲遇害的谜团时意外被卷入一宗凶杀案，因此结识了安然（汤敏 饰）、林涛（彭楚粤 饰）、环环（马昕墨 饰）等一众法医和警员。剧中每一个案件背后都是一个社会话题，每一个案件独立却又与一个巨大阴谋有着千丝万缕的联系。剧集根据《法医秦明》系列的第一部作品改编。
故事开始于山东藩台，杨康源因挪用军饷而被定罪，临刑前将妻女托付给山东巡抚高敬堂。高敬堂为了赎回被卖进妓院的杨妻和两个女儿杨二娥和杨三娥（杨若兮 饰），让次子高成栋娶了二娥为妻。然而，高敬堂的填房夫人林媚春与高成栋私通，引发了一系列不可预测的后果。林媚春妒火中烧，安排吴献铭使计让二娥误解高成栋与她的关系。当三娥发现真相时，二娥却选择保守秘密，使得局势更加错综复杂。为了阻止二娥揭露真相，高成栋不惜使用砒霜毒死了她。林媚春酒醉后发现了二娥的尸体，但被买通的阴阳先生声称二娥死于血崩。杨母和三娥赶到高家时，二娥已经入殓，而三娥却对姐姐突然死去感到疑惑，要求开棺验尸却被拒绝。在这一过程中，杨康源的文书黄全为了照顾杨家母女，辞职回乡。他帮助三娥起草状纸，告发高家。知县陶钰接受了这个案子，而药铺掌柜的供词揭露了吴献铭购买砒霜的事实，导致吴被押入死牢。然而，高成栋送来银票后，陶钰以砒霜中毒证据不足为由，草草结案，使得三娥的第一次告状以失败告终。
尘封的档案被翻开，紧张感扑面而来。当香港真实奇案成为故事蓝本，陈旧的案件是否能被揭开？在追踪线索的路上，能否突破困局，让真相大白于天下？
