前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好朋友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。
男主萧宇作为一代天尊大能，因渡劫失败而陨落后重生回过去的人界。此时的他身份卑微，遭遇女友背叛，情敌欺压，同窗的冷嘲热讽。他决定凭借前一世的记忆与根基，踏实重修，稳固根基，并弥补过去的遗憾，去帮助曾经的伙伴，去修理曾经的敌人。现今杀伐果断，敢爱敢恨的他，这一世定将登顶巅峰，睥睨万界。
