故事发生北宇治高中，黄前久美子（黑泽知叶 配音）刚刚踏入校园，对于未知的高中生活，久美子充满了憧憬。加藤叶月（朝井彩加 配音）是久美子的同级生，在叶月的极力劝说之下，耳根软的久美子在半推半就之下加入了学校的吹奏乐部。曾经，吹奏乐部有着十分辉煌的历史，然而，在换了顾问之后，吹奏乐部渐渐落寞，如今，音乐老师泷升（樱井孝宏 配音）作为新的顾问新鲜赴任，他对重振吹奏乐部，进军全国大会有着极大的信心。个性乐观开朗的川岛绿辉（丰田萌绘 配音）、理智冷静的高坂丽奈（安济知佳 配音）、大姐头田中明日香（寿美菜子 配音），在这些前辈们的陪伴和指导之下，久美子快乐的高中生活就此拉开序幕。

已经是第二次报考东大的景太郎（上田佑司 配音）又失败了，而他记忆中的青梅竹马此刻或许就在东大里等待着他来完成童年的约定。因此，景太郎的第三次东大征程决定了。由于家人的反对，景太郎忍痛离家出走。景太郎的外婆经营着一家名叫“雏田庄”的旅馆，这就是景太郎此次投奔的目的地，但是他不知道，此时的雏田庄已经成为了女生专用的宿舍，而他的第一次光临，就撞见了一丝不挂的住宿生成奈川奈留（堀江由衣 配音），从而引出了一个有笑有泪的爱情故事。在莫名其妙的状况下，景太郎成为了雏田庄的主人，而他所要面对的，是数十个“如狼似虎”的年轻女性。在应付她们的同时，景太郎还要保证自己“东大学生”的伪装不被拆穿，景太郎觉得，他和那个在东大等他的女孩之间的距离似乎越来越远了……

一晃眼二十年过去，某日，初音岛风见学园的官方新闻部的权威遭到了非官方部的大胆挑战，毕业季在即，毕业季特刊的出版成为了部里的头等大事，这一次，部长森园立夏（新田惠海 配音）决心去调查那颗传说中永不凋零的樱花树，以“魔法”作为杂志的主题。作为新闻部里唯一的男性，芳乃清隆（小野友树 配音）自然肩负重任，温柔美丽善解人意的芳乃夏露露（宫崎羽衣 配音）、清隆青梅竹马的玩伴葛木姬乃（佐佐木未来 配音）、个性较真而又傲娇的瑠川纱罗（樱咲千依 配音）、身体孱弱个性内向的阳之下葵（海保绘果 配音），在这些新闻部同僚的帮助下，清隆会交出一份怎样的答卷呢？

故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..

　以主人公安久为轴，描写战斗少女们的群像剧。故事讲述了掌握了高端情报技术“玛娜”的人类，借助它的力量克服了地球上的战争、饥饿、污染等问题，终于迎来了和平的理想乡。然而，作为皇国第一皇女的安久丽莎，却因无法使用这等魔法之力而沦为士兵，并被派遣到偏僻的岛屿上，同其他少女们操纵变形人型兵器“帕拉美露”，共同对抗入侵而至的巨大攻击型生物——龙。于是，少女的不屈物语就此开始了……