林玄辞被困天渊百年，拒绝红裙姑娘结为道侣的提议，选择达成九个约定后出禁区，却修为尽废、灵根断裂。玄青宗因他魂灯重燃，由董问君带人寻回。回宗后，他道出师兄们的秘密自证未被夺舍，还得知昔日婚约对象柳舒瑶将与天玉宗联姻。东怡宫姚素素送礼解约遭拒，林玄辞见柳舒瑶后斩断因果。
暴雪天微服出访的楚渊，偶然发现流放官员陆长风所建黑石堡，堡内地暖、温室、平价医馆等工业设施让他惊叹。二人查出首辅联合总兵垄断煤炭、制造京城煤荒的阴谋，总兵随即率军围城灭口，楚渊与掌握工业基建、心怀百姓的陆长风联手，共抗奸佞大军。
薄暮时分，江户城下，百物成妖，千妖成群。长崎屋少爷从小体弱多病，某日溜出门走夜路回家，不意撞上杀人凶手，卷入凶案，少爷当如何躲过劫难，妖怪们能否助少爷一臂之力，揭开案件真相……
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中
