仙魔大战二十之后，三界达到了微妙平衡的状态。而正此时，身负重要秘密的少年叶不归脱离了剑灵仙岛的保护，出现在众人眼前。 他的出现打破了平衡，随着战争结束沉寂了二十年的阴谋重新浮现，少年在试图保护世界的同时，也知道了自己的身世。他的人生征途充满危险，有人来也有人走。不归二字，或许就是他的宿命。
故事发生在神世纪300年，主要讲述结城友奈是初中2年级学生，她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系，本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。
