平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。
三个来自贝弗利山的疯狂男孩、时尚少女以超级间谍的身份平衡了他们的个人生活和学校生活。
陆羽作为一个穿越者（可有可无），来到一个遍布诡异的世界小心翼翼的生活了16年。尽管十分谨慎，但还是意外撞见邪教徒祭祀现场，被邪教徒盯上，危难之际，他觉醒了系统，制造怪物，打败邪神眷属。然而，随着他“视野”的开阔，他所认识的人，所接触的事越来越多，直到他发现人类缺少的秘密。
令和末期，日本因全球核战影响走向衰败，大量难民涌入，更严重的病毒、大地震、苛政与饥荒接连发生，引发民众暴动，国家体制崩溃，人口锐减至原来的十分之一以下，文明水平倒退至明治初期，并分裂为“大和”“武凰”“圣夷”三国。约一百年后，大和历56年，生于爱媛郡的少年三角青辉登上历史舞台，一段以日本再统一为目标的时代故事由此展开。
