数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及自由行星同盟可称为民主主义的弊端的群愚政治侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
在末日世界，全球多个战区相继沦陷，华夏战区也岌岌可危。主角夜宁前世虽拥有神级天赋，但因被人暗中算计错过天赋测试，只能在末日艰难求生，家人惨死，自己最终也战死在首都防线。然而，命运让他重生回参加天赋测试的那一天，还意外绑定了末日剑神系统。系统赋予他将普通剑技强化为SSS级技能的能力。重生后的夜宁，凭借着前世的记忆和对危险的敏锐感知，迅速在天赋测试中崭露头角，展现出强大的天赋，引起各方关注。他加入了安全区的火种序列，开始接受培养，不断提升自己的实力。在这个过程中，他结识了志同道合的伙伴，共同面对末日中的各种危机，如变异体的大规模袭击、神秘组织的阴谋等。随着实力的提升，夜宁逐渐揭开了末日背后的真相。为了拯救人类，夜宁在战斗中不断突破自我，发挥出末日剑神的真正实力，最终成功战胜敌人，为人类迎来了新的希望。
