文化枢纽守护者玉龙化身凌小玉，与伙伴羊光光、菲袅遭遇魔盗联邦入侵。反派为从根源摧毁龙文化，穿越至五千年前的凌家滩，主角团紧随其后却失去所有超能力。他们被先民误认邪灵，结识质疑祭司谎言的少年阿福。反派破坏龙脉引发天灾，蛊惑先民砸碎玉器、颠覆信仰。凌小玉的“维持秩序”与阿福的“揭穿谎言”双双失败，最终阿福牺牲自我唤醒龙脉，凌小玉放下执念与之共振击退反派。先民将二人形象雕成玉龙与玉人，成为后世凌家滩文物的由来。
勇敢的咕咕嘎嘎与伙伴Dora开启惊险刺激的野外求生冒险！两人穿行于燥热无垠沙漠、幽深神秘地底等多样秘境，一路上遭遇形形色色的野生动物与奇异昆虫。他们凭借智慧与默契迎战对手，战胜生灵后收集肉类、蔬菜等生存物资。一轮又一轮全新冒险接踵而至。跌宕起伏的旅程兼具战斗趣味与野外生存知识，伙伴携手并肩成长，在险境之中不断突破自我。
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中
游戏降临，世界规则重构，人类踏入全民转职时代。天才少年叶尘觉醒隐藏职业死灵法师，遭众人嘲笑其消耗寿元。然拥有不死之身的他，召唤黄金亡灵军团、骸骨巨龙，更让魔王撒旦降世，令世界震惊。
