残老村中住着来历莫测的九位老人和他们抚养长大的少年秦牧。一日，秦牧负责放牧的母牛竟然口吐人言，自此秦牧更加认识到大墟这片神弃之地的危险绮丽：魔神随黑暗降临、神骨于遗迹起舞、守护幼子的龙骨、拖行太阳的巨船……无论面对何种险境，秦牧都无所畏惧，将九老所传本领融会贯通，誓以举世无双的霸体闯出一片天地。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
