残老村中住着来历莫测的九位老人和他们抚养长大的少年秦牧。一日，秦牧负责放牧的母牛竟然口吐人言，自此秦牧更加认识到大墟这片神弃之地的危险绮丽：魔神随黑暗降临、神骨于遗迹起舞、守护幼子的龙骨、拖行太阳的巨船……无论面对何种险境，秦牧都无所畏惧，将九老所传本领融会贯通，誓以举世无双的霸体闯出一片天地。
架空战国时代的日本被未知生命体“鬼神”统治已有150年，唯有“武士团”反抗其统治，一直不懈抗争。武藏和小次郎也曾向往着武士，发誓有朝一日结成最强的武士团。可是，他们所生活的城镇却将鬼神奉为神明，将武士视为异端。武藏只能将梦想藏在心中，直到有一天，他遭遇了人类被鬼残忍杀害的一幕。为了重拾与小次郎的誓言，武藏向强大的鬼发起了挑战…！
小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。
