故事发生在一个人族、魔族和神族和平共处的世界之中。土见禀（杉田智和 配音）是一个非常平凡的男孩，自幼失去了父母的他和青梅竹马的好友枫（后藤邑子 配音）生活在同一屋檐下，虽然禀只将枫当成是妹妹一样疼爱，课时枫对于禀的感情早已经超越的了友情。
松田启人（津村真琴 配音）是一个热爱幻想的五年级男生，一次偶然中，启人捡到了一张神奇的卡片，这张卡片将启人带往了生活着数码兽的数码世界，在那里，启人遇见了基尔兽，此时的他并不知道，基尔兽将会是他一生中最重要的搭档和朋友。为了保护数码世界和数码兽，四圣兽之一朱雀兽接连不断的将帝魔送往人类世界，造成了危险和混乱，启人和好友牧野留姬（折笠富美子 配音）、李健良（山口真弓 配音）一起为了保护和平加入了战斗之中。不仅如此，朱雀兽还带走了掌握着数码兽进化关键的古乐兽，追随着古乐兽的踪迹，启人一行人闯入了数码世界，展开了大冒险。
