《神探狄仁杰3》分为《凉州案-黑衣社》和《邗沟案-漕渠魅影》两个惊险绝伦、触目惊心的故事组成。故事承接第二部，狄仁杰（梁冠华饰）自连破幽州、并州、蛇灵、江州等一系列大案后，几经恳请，终于得武皇（吕中饰）允准回老家并州修养。然而就像护卫李元芳（张子健饰）所言，这看似颐养天年的平静中却蕴藏着更大的杀机与阴谋。
本剧根据亚瑟王与魔法师梅林的故事改编，由BBC威尔士电视台与Shine影视公司共同出品。乌瑟国王的养女莫根娜渐渐发现了自身所蕴藏的强大力量，为了逃避乌瑟屠杀魔法师的暴行而私自去寻求古老宗教的帮助。由于同母异父的姐姐莫高斯的出现，二人便携手共同打击卡美洛王国。梅林（科林·摩根 Colin Morgan 饰）发现了莫根娜的异变，便企图阻止她的行动，为了拯救王国梅林迫不得已用毒药害死莫根娜，在关键时刻，莫高斯把奄奄一息的莫根娜给带走了。多次帮助梅林的巨龙以迫不及待的要求梅林来让它重获自由，终究梅林还是斩断了紧锁巨龙的锁链。巨龙也终究反攻卡美洛王国，最终梅林收服了巨龙成为了降龙者。
有时，阻止一个疯子再次杀人的唯一方法就是进入一个怪物的头脑，像他一样思考。警察与最危险、最致命的罪犯进行一对一的斗智斗勇，其中只有一个人会获胜。
杨云飞（吴京 饰）年幼时被崇真派掌门人青松道长（吴卫东 饰）收养，在雾峰山苦心习武，长大成人。然而，苦于门派内禁律森严，杨云飞一直无法正式拜入崇真派门下，这让杨云飞感到十分受伤，最终决定离开。无敌门主独孤无敌（杨帆 饰）一直将青松道长视为自己最强劲的敌手，希望有朝一日能够将其打败，让自己的门派取代崇真派，成为江湖第一。独孤无敌向青松道长派去了战帖，在这场旷世恶战之中，两人两败俱伤。独孤无敌的妻子沈曼君（崔红红 饰）于偶然之中救下了身负重伤的青松道长，随着时间的推移，两人之间渐渐产生了真挚的感情，这让独孤无敌感到十分愤怒，发誓要将青松道长除之而后快。
从这一季开始更换了片尾曲，体现出超人的进一步成长，要处理更困难的局面、对付更黑暗的敌人。
