《神探狄仁杰3》分为《凉州案-黑衣社》和《邗沟案-漕渠魅影》两个惊险绝伦、触目惊心的故事组成。故事承接第二部，狄仁杰（梁冠华饰）自连破幽州、并州、蛇灵、江州等一系列大案后，几经恳请，终于得武皇（吕中饰）允准回老家并州修养。然而就像护卫李元芳（张子健饰）所言，这看似颐养天年的平静中却蕴藏着更大的杀机与阴谋。
故事发生在20世纪30年代的川藏一带，中甸地区的草原上，彪勇孔武的青年扎西平措（胡歌 饰）纵马奔驰。童年时发生在母亲身上的悲惨一幕，让怀着报仇念头的他跟随虫草老爹进入九龙湾当了马贼。成年后，为了救回被人抓走的虫草老爹，扎西劫走了土司多吉（巍子 饰）及其女儿勒仓卓玛（王力可 饰）。这是一场由阴谋导致的误会，却让青年和美丽的卓玛结下不解之缘。大时代背景下，川藏自然无法偏安一隅。中甸国民政府县长王大隆妖魔化共产党，策动多吉的弟弟桑吉（多布杰 饰）篡夺土司位置，阻止红军进藏。
讲述了调查1%失踪案件的专案组员警与乡村犯罪嫌疑人之间对决的故事。FBI出身的精英精英刑警吉秀贤(金康宇 饰)和本土100%的本土老派势力刑警吴大荣(朴熙顺饰）的搭档将怎样在一定期限内查找失踪者并与前所未闻的跨国犯罪者抗衡的故事，以‘失踪’为主题，不仅将绘画寻找失踪者的过程，还将会是一段寻找失踪者的过程。社会损失的正义、价值之旅，是一部全新题材的刑侦剧。
恶霸奸人坚（黄子华 饰）是广州旗下街的一霸，他虽然不学无术，但仗着奸诈的脑袋，多年来聚集起一众无赖，横行旗下街。这日奸人坚打着“打败广东十虎黄麒英”的招牌招摇过市时，被初来广州的黄飞鸿（林嘉华 饰）见到，为了帮父亲出口气，飞鸿教训了奸人坚一顿，令奸人坚好不丢脸。随后，奸人坚为了争回一口气，偷走了飞鸿父亲黄麒英的神位，并在再次挑战飞鸿时用它来作挡箭牌威胁他，终于打败了飞鸿出了一口恶气，而飞鸿则被众人认为是懦夫。警察厅厅长认为旗下街的一间姑婆屋档了他的官运，欲除之而后快，于是找来奸人坚帮他去收回姑婆屋。姑婆屋的主人是刚才南洋归来的阿翠（叶童 饰），这是她买来供一班姑婆们养老用的。奸人坚用尽办法和阿翠斗气都没有拿到姑婆屋的屋契，于是，一条毒计又诞生了。
高中生方向在疫情期间，因无人看管，游戏成瘾，成绩一落千丈。最后经过了一系列的事件，他找到了正确的方向，走上了正确的道路。
人过中年的女扳道工刘小站（江珊 饰）原本拥有幸福美满的家庭，但在丈夫冯国强（韩青 饰）的事业蒸蒸日上之际，她在家中遭遇“被下岗”的命运。冯与公司下属孙媛媛有染（石林 饰），转而以感情不和为名提出离婚。虽然得到不菲的抚恤金，可刘小站几乎还是净身出户离开了善良的公婆以及可爱的儿子。此后不久，国强迎娶媛媛，迫使儿子冯鑫在婚礼当天引出一场闹剧。小站也借此机缘结识了胆小嘴碎的出租车司机周勇（周小斌 饰）。周生活拮据，上有老母下有女儿，可是性格十分乐观。他和小站从最初斗嘴相厌，再到惺惺相惜，慢慢走到了一起。
故事发生在中原一个名叫蔡家庄 的小山村。围绕青年农民蔡有才，带 领同村的大头、麻杆、宛玉、艳丽等 一群年轻人，用DV拍摄电影展开。农 民拍电影，任谁看了都觉得是闹着玩 的。大大小小的困难是不待说的，且 与村长、蔫里精、刘秀才等村里老一 辈人引发的冲突，纠结，误解那是没 完没了。意想不到的变故难题，别出 心裁的解决方式，啼笑皆非的大事小 情，几乎天天都在上演。见招拆招， 遇难呈祥，逢凶化吉，有才们在电影 拍摄过程中，麻烦不断，意外不断， 惊喜不断，快乐不断，笑声也不断。
