《萌宝战警》讲述了豆丁、可乐、可诺、石头四位天性正义善良的小朋友借助机甲武装的神奇力量，组成战队，在重重困难面前，众人齐心协力，善用科学，勇往直前，不畏艰险，用勇气与智慧战胜邪恶势力科学怪咖“铁算盘”，保卫家园小石城并寻找神秘失踪的豆瓣博士。
被撤职的锦衣卫袁小棠与青梅竹马的方雨亭为寻找父亲失踪的线索潜入鬼街、在朋友石尧山等人的帮助下，一路逛鬼街、破机关、遇各路神秘人物……乱斗与阴谋轮番上演，随着旧事的重提，一切谜团都渐渐有了答案。
某天，独居在森林里的魔女艾丽莎（声优：古贺葵）捡到了人类婴儿。艾丽莎替婴儿取名为「薇奥拉」，并决定扶养她。十六年后，薇奥拉（声优：水树奈奈）不只变成超级恋母的女孩，连个子和上围成长的幅度都超乎预料…
叶家废柴少主叶凡丹田被废，受尽屈辱，在遍尝人间冷暖以后，获得了虚假的记忆与强大的力量，仍坚守本心，最终踏上拯救苍生的旅途。
