《英雄小学》围绕着一群超级学生——“火花小队”展开。在古怪又热情的老师火花先生的带领下，这些小英雄们齐心协力，帮助他人，解决问题，努力让世界变得更美好。当他们自身不完美的能力不足以完成任务时，他们会运用其他能力——科学超能力——来调查、观察、预测，并找到解决方案，最终扭转乾坤！
菜穗（花泽香菜 配音）是一名普通的高中二年级女生，过着波澜不惊的平淡生活。一天，菜穗收到了一封神秘的信件，寄件人竟然是10年后的自己，10年后的菜穗声称自己的生命中发生了无法挽回的巨大遗憾，为了弥补这个遗憾所以才寄出了这封穿越了时空的信件。刚开始，菜穗只是将这封信当成是一个恶作剧，但第二天，信中所提及的那个叫做成濑翔（山下诚一郎 配音）的男生竟然真的转学到了菜穗的班上，按照信里所说，菜穗将会喜欢上翔，而翔则会在17岁那年的冬天死于非命。菜穗该怎样做才能够避免这一悲剧的发生呢？
