《英雄小学》围绕着一群超级学生——“火花小队”展开。在古怪又热情的老师火花先生的带领下，这些小英雄们齐心协力，帮助他人，解决问题，努力让世界变得更美好。当他们自身不完美的能力不足以完成任务时，他们会运用其他能力——科学超能力——来调查、观察、预测，并找到解决方案，最终扭转乾坤！
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
烦恼星人入侵地球，制造各种各样的烦恼，让你起不了床，读书记不住，体重爆表！这些烦恼持续太久后，还会把你也变成烦恼星人，人类就此陷入灭种危机！幸好，钻石天文台智商500的女娃博士用“勇气”和“快乐”研制出了超迷你战士，用正能量帮助你打败烦恼星人！你是不是，有说不出的烦恼？呼叫呼叫！超迷你战士马上来到！
