《英雄小学》围绕着一群超级学生——“火花小队”展开。在古怪又热情的老师火花先生的带领下，这些小英雄们齐心协力，帮助他人，解决问题，努力让世界变得更美好。当他们自身不完美的能力不足以完成任务时，他们会运用其他能力——科学超能力——来调查、观察、预测，并找到解决方案，最终扭转乾坤！
21世纪，原本能量稳定的人、神、妖三界由于人类社会的飞速发展而失去平衡，神、妖两界紧急启动救世计划，决定派出一批神仙、妖怪来到人界寻找救世方案。苏莫婷是一个带着“神妖之子”身份的社畜女青年，在被父母以“独立自强”为理由请出家门后，遇到了同样流落人间的二货帅气小萌神——天机星以及神秘沉稳酷猫妖——地魁。在土地的主导下，三人结成救世组合，开始上演搞笑而又扎心的无厘头日常。
在牧野间长大的本须和秀树（杉田智和 配音）因不甘心投报东京的大学失败，毅然决定来东京上补习学校。在东京街头，秀树发现街上随处可见人形电脑，在这个时代无比流行。他们有着和人别无二致的漂亮模样，连皮肤的触觉都很柔软。
第二部剧情自力石死后矢吹丈终于东山再起开始，到原作的最后与孟德萨拉之战中，矢吹丈“化为白色的灰烬”结束
桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
