故事背景设定在一个神秘而充满危险的世界，黑暗之门象征着邪恶和毁灭的力量。据传说，只要有人成功铸造出黑龙剑，就能打开黑暗之门，释放邪恶能量。当灵山门门主得知这个消息后，他密谋夺取铸造黑龙剑的秘籍，并秘密进行铸造。为了阻止灵山门门主的阴谋，七位侠士必须按照祖传的传说，在七七四十九天内，到达小和山与光明剑的传人会合。光明剑被认为是对抗黑龙剑的唯一希望，因此他们需要找到铸造光明剑所需的七样必不可少的宝物，并最终铸造出这把神圣的剑。
4年了，距离那场私人武装组织——天人与人类联盟军的决战过去4年了。天人组织消失了，世界从3个巨大的国家联盟统一为一个联合政府，世界已经统一。但是，这只是表象。表面的政治统一，但军方秘密组织A-LAWS在暗中从事武装镇压，镇压所有反对联合政府的组织与团体。这样的世界，没有改变。人类依然没有从战争、纷争、矛盾之中解脱出来。天人组织再次回归！高达驾驶员刹那•F•清英驾驶新型号的机器人——高达00再次武力介入。这次，天人组织要面对的不仅是A-LAWS的机动战士部队，还有神秘组织变革者——其首领里冯兹正在计划一个更大的阴谋！《机动战士高达00》系列动画片第2季。
