故事背景设定在一个神秘而充满危险的世界，黑暗之门象征着邪恶和毁灭的力量。据传说，只要有人成功铸造出黑龙剑，就能打开黑暗之门，释放邪恶能量。当灵山门门主得知这个消息后，他密谋夺取铸造黑龙剑的秘籍，并秘密进行铸造。为了阻止灵山门门主的阴谋，七位侠士必须按照祖传的传说，在七七四十九天内，到达小和山与光明剑的传人会合。光明剑被认为是对抗黑龙剑的唯一希望，因此他们需要找到铸造光明剑所需的七样必不可少的宝物，并最终铸造出这把神圣的剑。
《命运石之门第二季》主人公冈部伦太郎经历无数的苦难，跨越了尽头悲哀的放弃了挽救“她”的世界线的故事。 失意至底的冈部伦太郎。 被“封印”的“凤凰院凶真”。 担心他的伙伴们。 新登场的角色们。 未被拯救的“她”到底怎么了？ 《STEINS；GATE》中没有登场的新的角色迎来被描绘的“0”的故事。 是的，那里的“她”现在也在——
那还是人与非人的世界未曾分开的远古故事。
星野宫子（上田丽奈 配音）表面看来只是一个非常平凡的女大学生，实际上却拥有社交障碍，无法和人正常的交往，因此常常宅在家中，孤独的制作着华丽的Cosplay服装。星野日向（长江里加 配音）是宫子的妹妹，和姐姐阴郁的性格不同，日向非常的开朗健谈，而且深深的爱戴着姐姐。
玄都山掌教沈峤一心避世，却无意中卷入江湖纷争，身中奇毒，坠下山崖双目失明，被浣月宗主晏无师救起后，随晏无师游历江湖，逐渐找回失去的记忆，揭开了隐藏在纷繁芜杂事件中的大阴谋。一本武林秘籍的出现搅乱了武林平和的假象，看主人公是否能看破全局修得剑心。
