故事背景设定在一个神秘而充满危险的世界，黑暗之门象征着邪恶和毁灭的力量。据传说，只要有人成功铸造出黑龙剑，就能打开黑暗之门，释放邪恶能量。当灵山门门主得知这个消息后，他密谋夺取铸造黑龙剑的秘籍，并秘密进行铸造。为了阻止灵山门门主的阴谋，七位侠士必须按照祖传的传说，在七七四十九天内，到达小和山与光明剑的传人会合。光明剑被认为是对抗黑龙剑的唯一希望，因此他们需要找到铸造光明剑所需的七样必不可少的宝物，并最终铸造出这把神圣的剑。
小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。
