影片故事围绕三年级的小学生马小跳展开。马小跳可是个不寻常的孩子，他一生下来就会跳！在他的抓周仪式上，脾气火爆的马小跳更是一“跳”冲天，令所有人大吃一惊。三年级的马小跳身边总是围绕着伶牙俐齿的“猿猴”毛超、贪吃爱睡的“企鹅”唐飞和力大无穷的“河马”张达这几个死党，当然还有无条件超级崇拜马小跳的安琪儿。
15岁的金（Kim）不堪电子产品的困扰，被一只神秘的爪子拖入了一个奇幻世界。在异星犬杰夫（Jeff）和原住民长老的指引下，他们24小时内穿越五个岛屿，面对超现实的考验和内心的挣扎。
在即将坠入深洲的危急关头，辛灵被“神秘人”救出，意外来到了荒石被封印的地方。而荒石却在战斗中身受重伤，元神消散。为了救回荒石，叶罗丽战士们也行动起来，前往奇幻的仙境，开启全新的冒险之旅。在拯救荒石的过程中，辛灵带领孩子一起怀揣勇气与希望，再度探寻爱与成长的真谛。
故事以18世纪的欧洲为舞台，在当时的意大利某小镇上，有着日本血统的孤儿天马和喜爱绘画的亚伦是一对挚友。某日亚伦受到大圣堂的神父 ( 睡神修普诺思) 的指引，去到一处被称为“地面上的极乐净土”的地方寻找“真实之红”。在那里亚伦遇到了一个叫“潘多拉”的神秘少女，自此亚伦的身体开始发生了变化。
新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
