《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
只要人类拥有心，就一定会有烦恼。“怪”也由此乘虚而入，在体内引发奇怪的症状。被称作“怪病”的这种病症，虽然无人知晓，但确确实实地存在着。面对现代医学的治疗手段束手无策的这种病症，有一位医生和弟子一同出面应对。他的名字是拉姆尼。外表怎么看也不像是个医生，不论何时都我行我素，而且说话也毫不留情。但他一旦面对怪病，就能瞬间发现患者们隐藏在心中的烦恼原因，并加以治疗。
故事发生在一个名为帕帕拉宿的奇幻国度之中，六年级的女孩梦川唯（伊达朱里纱 配音）一直渴望着能够成为一名偶像，然而，成为偶像对于一个平凡的女孩子来说是一件多么可望而不可及的事情啊，虽然所有人都质疑梦川唯的梦想，但她始终坚信，只要不断的努力，总有一天可以将梦想实现。某日，帕帕拉宿竟然开张了偶像主题公园美妙天堂，传闻中超级偶像真中啦啦（茜屋日海夏 配音）也要前来助阵。个性活泼开朗，非常擅长运动的虹色妮诺（大地叶 配音）、风格酷炫特立独行的学姐幸多美知留（山田唯菜 配音）、嗜钱如命的华园秀香（朝日奈丸佳 配音），霎时间，一大批可爱的偶像涌现了出来。
基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！
