《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
故事围绕着5岁的小女孩罗拉（Lola）展开，由于父母忙于工作，尚未到入学年龄的她被送往祖母身边生活。罗拉的祖母在一艘巨大的豪华邮轮上工作和居住，于是罗拉便在邮轮上开启了她独特的童年冒险。随着邮轮环游世界，罗拉在停靠的每一个港口都会接触到不同的自然风光与多元文化，在祖母的陪伴下，她在旅途中结识新朋友，并以好奇的眼光不断探索广阔的世界，体会家庭的温暖与成长的快乐。
在微光原野的晨光城，鬼点子林小宇、细心的沈遇和力大无穷的陆一，偶然发现一颗发光种子长成通往奇境世界的大树，并获得勇气护符。他们收到求助信，从害怕到勇敢接受使命，用智慧与善意化解风滚草团子、回音蘑菇等小麻烦。奇境核心“愿望之泉”因大家的小情绪堵塞，三人意识到需理解与分享，团结所有朋友，以各自特长和真诚之心疏通泉眼。最终，两个世界温暖相连，三人的友谊与勇气成为最坚固的桥梁。
