《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
宇宙流浪汉李约素无意中发现了多年前失踪的移民飞船“上佳”号，并目睹了令人惊惧的异常现象……人们逐渐发觉了正在逼近人类的巨大危险，几经周折最终科尼尔星域各方势力不得不合力应对强敌。孰料，异族的强大超乎想象，科尼尔星域人类在全军覆没之际，只得派出李约素向银河之心的强大人类文明求救……
玄都山掌教沈峤一心避世，却无意中卷入江湖纷争，身中奇毒，坠下山崖双目失明，被浣月宗主晏无师救起后，随晏无师游历江湖，逐渐找回失去的记忆，揭开了隐藏在纷繁芜杂事件中的大阴谋。一本武林秘籍的出现搅乱了武林平和的假象，看主人公是否能看破全局修得剑心。
