故事叙述阿空、阿静、阿能、阿震、阿风和杨一击等六位个性迥异的年青人，在曾受过军事训练的唐少校、柯娜和福伯带领和帮助下，互相融合、互相接纳、彼此学习，逐渐成长为拥有强大的爱心、超凡的意志及守护正义的能力的有为青年，组成了团结勇敢、战无不胜的“巨神战击队”。 六个年青人运用各种高科技神奇力量去对抗想要破坏并占领地球的邪恶势力，他们不断地迎接一次又一次挑战，不断地在战斗中学习成长，在历经无数次艰难险阻之后，最终在大家团结齐心的不懈努力之下，战胜了邪恶力量，保护了地球的和平。
天才脑科学家白月魁为救恩师霍恩进行了脑移植术，却不想霍恩受到西弗残存意识的影响......琼斯盗取了天使再生剂注射到19号实验体上引起了一系列异变。同一时间，久川市因为瘟疫感染变成了一片人间炼狱，市长白靖宇和人工智能ASH为了抵御联盟的入侵誓死不降，却不想等到一切尘埃落定之时，真正的末日却来临了
