故事叙述阿空、阿静、阿能、阿震、阿风和杨一击等六位个性迥异的年青人，在曾受过军事训练的唐少校、柯娜和福伯带领和帮助下，互相融合、互相接纳、彼此学习，逐渐成长为拥有强大的爱心、超凡的意志及守护正义的能力的有为青年，组成了团结勇敢、战无不胜的“巨神战击队”。 六个年青人运用各种高科技神奇力量去对抗想要破坏并占领地球的邪恶势力，他们不断地迎接一次又一次挑战，不断地在战斗中学习成长，在历经无数次艰难险阻之后，最终在大家团结齐心的不懈努力之下，战胜了邪恶力量，保护了地球的和平。
故事发生在神世纪300年，主要讲述结城友奈是初中2年级学生，她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系，本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。
