上乃木遥（工藤晴香 配音）是一个普通的少女，从小她就拥有能看到幽灵的特殊体质。一日，一个名叫鸦（中井和哉 配音）的男子突然出现在了她的眼前，鸦告诉遥自己来自于15年后的世界，在那个时代中，世界被分割成许多的时空界，其中，最邪恶的香格里拉时空界一直妄图毁灭其他的时空界，而自己就是一直与之战斗的龙骑兵。他此次前来的目的是为了捕获可以确定未来的龙之转矩，而在现在，龙之转矩的所有者就是遥本人。
这是一个灵气为王的世界，谁拥有吞天噬月的灵力，谁就是大主宰！ 大千世界，万道争锋。主宰之路，谁主沉浮？ 少年牧尘，资质卓绝，出生于北灵境九大域之一牧域。父亲是牧域之主牧锋，如今已是北灵盟盟主，母亲清衍静是浮屠古族的神女，在其年幼时为保护儿子和丈夫而被迫离开。从此牧尘立下誓言，将来一定要找回母亲。 在经历腥风血雨后，解救母亲，成为浮屠古族的族长。在万古会中，牧尘成功获得万古不朽身，跻身大千世界颠峰层次的存在之一，为了拯救大千世界的生灵，牧尘闭关五年后，突破出关超脱圣品，与炎帝“萧炎”、武祖“林动”合力对战天邪神。他们消灭了为祸人间的邪族，并以世界之力净化被域外邪族夺走的另一半的大千世界。最终，牧尘成功在苍穹榜上留下完整真名，并将其命名为"主宰境"，与萧炎、林动一起成为大千世界的守护者。
伏魔三劍俠打敗了基比爾，阻止了惡魔族侵略地面。但由於大魔王加爾巴的詛咒，令三人永遠被封閉於一個膠囊之中。其後出現了更凶惡的妖怪軍團，飽受妖怪バックベアード困擾的主角月村圭接受了妖怪研究專家大馬博士（ダイマ博士）的七星壇儀式，使全宇宙最明亮光耀的破軍星降臨到地上，而破軍星當中就包含著三劍俠的魂魄。月村圭承繼了佐比丹的魂魄，成為了超越神的戰士超神Bibyun（超神ビビューン），而他的同學菅一郎及渡部剛，亦分別承繼了伊比路及加貝拉的魂魄，成為了超神Basharn（超神バシャーン）及超神Zshen（超神ズシーン）三位超神為了大地的和平及正義，決心與由大魔王加爾巴控制的妖怪軍團對抗到底。
哈洛克 (S-00999)、大山藤一郎 (S-00998) 和艾梅拉达斯 (X-00001) 乘坐阿卡迪亚号逃离被侵略者伊鲁米达斯占领的地球。随后，他们被列入全宇宙通缉名单，通缉代号为 SSX，尽管遭到了 Illumidas 军队的攻击，他们仍然与包括外星人 La Mime 在内的同伴一起继续旅程，寻找他们认为存在于宇宙某处的乌托邦“阿卡迪亚”。战斗中，地球男孩物野忠、女孩利威尔和雪萤加入了队伍，班博士则担任船医。另一方面，伊路米达斯地球占领军命令年轻的天才科学家佐恩先生对阿卡迪亚号进行分析和调查，以建造一艘超越阿卡迪亚号的飞船。佐恩先生也踏上了前往阿卡迪亚的太空之旅。
