佳纪和光住在乡下小村庄，两人一起长大，从小形影不离。燠热难当的艳阳。此起彼落的蝉鸣。回家路上的冰淇淋。那天，一个再完美不过的平凡夏日，他们随口闲聊，哈哈大笑。佳纪忽然转头问光：“其实你不是光吧？”六个月前，光在山里走失，一星期后离奇归来。这个光的容貌和言语都与原本的光别无二致，但他体内有某种不太对劲的东西在骚动。“光已经不在了，那样的话，你……”佳纪继续与那个模仿光的“东西”相处，假装一切都没有改变。然而，村庄里却开始怪事频传。渐渐坠入某个未知的“东西”……以成长为主题的恐怖故事拉开序幕。
桐人为了调查枪与钢铁的VRMMO「Gun Gale Online」里所发生的“死枪”事件而登陆了该游戏。桐人将自己在ALO里的游戏转移到GGO里后，虽然遇上了乍看之下很容易被误认为是美少女角色的麻烦，但在经过狙击手少女诗乃的引导之后，顺利参加了决定最强枪手的PvP淘汰 赛“BoB”。桐人在这个被枪支配的世界里，成为了唯一使用光剑战斗，并不断在“BoB”里获胜的知名角色。他独特的战斗方式成为了玩家间讨论的焦点，知名度也不断上升。次日，隔天举办的“BoB”正式大赛开始了。在聚集了许多强敌的“多人大混战”中，“死枪”终于现出身影。死枪”究竟是什么人？ “虚拟世界”真的能对“真实世界”产生影响吗？桐人即将独自挑战“死枪”！
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
