佳纪和光住在乡下小村庄，两人一起长大，从小形影不离。燠热难当的艳阳。此起彼落的蝉鸣。回家路上的冰淇淋。那天，一个再完美不过的平凡夏日，他们随口闲聊，哈哈大笑。佳纪忽然转头问光：“其实你不是光吧？”六个月前，光在山里走失，一星期后离奇归来。这个光的容貌和言语都与原本的光别无二致，但他体内有某种不太对劲的东西在骚动。“光已经不在了，那样的话，你……”佳纪继续与那个模仿光的“东西”相处，假装一切都没有改变。然而，村庄里却开始怪事频传。渐渐坠入某个未知的“东西”……以成长为主题的恐怖故事拉开序幕。
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
