“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
乃（本泉丽奈 配音）在学校里担任着历史老师的职务，拥有着可爱面孔温柔个性的她在学生之中拥有很高的人气，唯一不听她话还常常给她造成困扰的，是一位名叫久我宗二（白井悠介 配音）的男生。因为内向的个性，菜乃的感情生活到目前为止还是一片空白。在熟人的介绍之下，菜乃决定相亲。第一次和陌生男子见面吃饭，菜乃的心中充满了不安，所幸对方是一个温文尔雅又彬彬有礼的男性，在对方的引导之下，菜乃逐渐放下了疑虑，打开了心扉。事后，菜乃震惊的发现，让她小鹿乱撞的相亲对象，竟然正是变了装的宗二，不仅如此，宗二还在校园里对菜乃展开了热烈的追求。
