“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
藤沼悟（满岛真之介 配音）拥有着能够回到过去的特异功能，母亲佐知子（高山南 配音）被害，曾经信赖的朋友白鸟润（水岛大宙 配音）即将作为儿童连续杀人案的真凶被处以死刑，在这个节骨眼上，悟忽然回到了1988年，回到了当时就读的小学。
恐龙是史前时代的霸主，曾在地球生存长达数千万年，然而如今恐龙早已灭绝，人类曾对恐龙产生许多好奇，并透过化石研究，一步步探索恐龙世界的秘密。由于百年来的化石发现累积、历代研究专家的奋力不懈，加上现代科技的进步，我们对恐龙的理解越来越多，很多与恐龙有关的谜题也陆续被解开来。让我们一起走进恐龙时代去探索恐龙的奥秘吧！
