“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
魅惑众生的九尾狐狸？吸人精气的合欢树妖？道家妹子求双修，仙家女神表示滚远点。游走在这些危险分子中间可不是容易的事情。但为了世界和平，少年封夕豁出去啦！
在寻找返回地球的途中，绿巨人发现了潜藏在飞船上的领袖。S.M.A.S.H.特工必须与控诉者罗南及其克里士兵展开战斗，以拯救宿敌：生命星球伊戈。然而，当行星吞噬者前来吞噬生命星球伊戈时，S.M.A.S.H.特工必须冒着生命危险，拯救两位敌人的生命。
在该剧中，居然还有一个专门负责人力资源的常规角色（Amber Nash配音）。这在同类动画中非常少见。
