故事发生在神世纪300年，主要讲述结城友奈是初中2年级学生，她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系，本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。
以霍雨浩为首的唐门代表团，在明都参加的全大陆高级魂师大赛到了尾声。日月帝国太子徐天然为了一统大陆的野心，事先在各国参赛队伍的归途中设下埋伏。霍雨浩等人潜入日月帝国的地下仓库，使徐天然多年的筹备付之一炬。随后，霍雨浩一众在躲避日月帝国的追捕时不慎进入乾坤问情谷，开始面临真情考验。王冬儿和王秋儿面临生死抉择，最终王冬儿陨落，陷入沉睡。而后霍雨浩因思念王冬儿修炼出了浩冬三绝。等霍雨浩出关，史莱克学院展开了前往日月帝国营救被关押之人的计划……
在未来故事中具有重要意义的鱼人岛篇经过重新剪辑，将以比以往更高的画质呈现。讲述了顶上战争2年后的草帽海贼团重新团聚，前往鱼人岛冒险，并挫败了新鱼人海贼团阴谋的故事。
