吉姆·亨森的木偶们，包括科米蛙和猪小姐，他们既可爱又调皮，每周都会制作一档综艺节目，并邀请众多名人嘉宾。此外，还有冈佐、福兹熊和斯库特——他是本系列中最接近真人木偶的角色。
每当人类被负面想法控制，就会形成一种黑念水晶，如果黑念水晶没有被及时消灭，人类就会变成可怕的暗化者！为了阻止墨莉娜公主借助黑念水晶摧毁人类世界，三名梦奇拉精灵找到三位性格各异的女孩，让她们变身成梦奇拉少女，对抗永叹王国的邪恶力量，净化被蛊惑的人心，守护人类世界。
佐伯丽奈（原奈津子 配音）是一名平凡的高中二年级女生，个性十分开朗活泼的她对世间的一切都充满了浓重的好奇心。朝比奈凉香（藤田奈央 配音）是丽奈的同班同学，一头利落短发的她，性格像男孩一样大大咧咧，不仅运动神经非常发达，成绩也常年霸占年级第一名的宝座。五十岚琉璃子（徳井青空 配音）是丽奈青梅竹马的玩伴，沉默寡言时常放空自己的她实际上拥有超强的灵感力，常常能看见别人看不见的东西。
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
