《迷你特工队之超级恐龙力量特别篇》讲述的是迷你特工队和想要侵略地球的汪汪海盗团之间斗智斗勇的故事。由于受到汪汪海盗团头目奇奇的欺瞒，海盗团行动队长波波和其他海盗团成员坚定地想要侵略地球，抢夺地球上的资源。但波波不小心流落在地球上了，并和迷你特工队以及地球上友善的人们展开了一系列的故事，过程中得到地球人的帮助，也感受到了地球人的真诚。最终波波识破了奇奇的阴谋，和迷你特工队一起战胜了奇奇的最强机器人。
月岛星璃（久住小春 配音）是一个活泼可爱整天没心没肺的女孩，一次偶然中，星璃在救一只小乌龟的时候不慎从树上掉了下来，并被一个神秘而又英俊的男人给接住了，这个男人名叫日渡星司（陶山章央 配音），而星璃所救的小乌龟正是他的宠物。为了报答星璃，星司给了星璃一张演唱会的入场券，深深的被星司的温柔和帅气所吸引的星璃在演出当天来到了会场，却在误打误撞之中进入了后台，遇见了个性粗暴傲娇的风真宙人。原来，星司和宙人正是当红偶像团体SHIPS的两名成员，而星璃也在机缘巧合之下许下了想要成为偶像的承诺。
并非此处的世界，并非此时的时代。被称作将军的执政者们所治理的草原与沙漠的国度·土耳基将国。12年前，在与邻国·巴尔特兰帝国之间的战争中失去母亲的玛法姆特，期盼着和平的国家，而成为了土耳基史上最年轻的将军。但，随着土耳基因交易获得巨万财富而取回了安宁，帝国的侵略再度开始了。与搭档犬鹫·伊斯卡达尔一起，为了粉碎席卷国家之间的阴谋与策略而行动的玛法姆特，究竟要如何将自己的祖国导向和平？——在理想与现实的夹缝中，他所采取的行动是……
