神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
高一结束的春假，糸因为母亲再婚而搬家。但让她没想到的是，竟多了四个弟弟，令她大为震惊！虽然她全力想与新家人打好关系，但长男·源的态度却异常冷淡⋯然而，在他冷酷的表情背后，却能隐隐窥见一丝温柔⋯？
