神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
随着次元风暴降临，地球涌现出大量异次元领域，仙、佛、恶魔、天使、精灵等各种异次元生物降临地球。天才少年周文，凭借意外得来的一部可以将现实世界转化为游戏副本的神秘手机，从此开启了一滴血一条命，无限流刷副本升级的冒险之旅。然而看似平静的家园背后却蕴藏着巨大的危机，前方还有怎样未知的冒险在等着他？
三谷裳千绪（太空直美 配音）是就读于鲛岛学园的平凡高中一年级女生，无论是样貌、性格或是成绩，都只能用平平无奇来形容，然而千绪本人非常享受这种低调闲散的状态。在家里，千绪是个标准的游戏宅，总是沉迷于各种各样的欧美角色扮演游戏之中。千绪的家离学校并不远，所以每天千绪都依靠走路上学，奇怪的是，每一天，在千绪的上学路上，似乎有什么在冥冥之中阻挠着她抵达学校，状况百出，麻烦不断，而千绪兵来将挡水来土掩，最终总是能够化解危机。和千绪一起上学的，还有和千绪互相嫌弃的青梅竹马野野村真奈菜（小见川千明 配音）和田径部王牌细川雪（本渡枫 配音）等人。
不是全部。然而，埃利亚斯，智世能够接受自己了。卡塔菲鲁斯睡了一会儿，致恢复日常生活的她,到达的是魔术师的,这是对互助组织“学院”的邀请。大英图书馆的地下室...与以往不同的魔法师社会。与“人”的相遇和互动打开一扇新门。这是一个拯救我（你）的故事。
谢看花即将被上林天宫处决，在苏白衣一行人援救过程中，上林天宫解体，苏白衣被幽狱中自困二十年的魔君苏戬带走。轩唯城英雄大会再度召开，白极乐以“天地同悲”面具引诱天下第二高手薛神官前往，江湖大乱。苏白衣为救负伤的南宫夕儿，与苏戬去往北昆仑求见苏家老祖苏锁莫，谢羽灵、风左君则纷纷前往青城山和恶魔城学习武艺。暗流涌动中，瀛洲仙岛再现，瀛洲来客向武林人士发下挑衅，顺者昌、逆者亡......
木之幡米拉（高柳知叶 配音）曾经和一个男孩许下了“寻找小行星”的约定，随着时间的而流失，虽然米拉和这个男孩早已经没有了任何的联系，但这个约定却依然被铭记在米拉的心间。为了完成约定，升上高中的米拉加入了学校的天文社，哪知道为了节省社团经费，天文社竟然于今年同地质社合并，变成了地学社。个性老实，沉默寡言，甚至有些害羞的真中苍（山口爱 配音）、虽然身为学姐，但却异常柔弱的猪濑舞（指出球亚 配音）、常常因为过于认真的性格而被别人误以为在生气的樱井美景（东山奈央 配音）、性格大大咧咧，总是活在自己的世界里的森野真理（上坂堇 配音），对于天空的热爱将这些个性迥异的女孩联结到了一起。
