1937年，日本帝国主义的铁蹄蹂躏中原，巍巍古都南京沦陷，数万军民被丧失人性的侵略者残忍杀害。尸横遍野，血流成河，当年繁华的南京城已经成为令人不忍卒睹的人间地狱。侵略者无视国际条约，对西方国家划定的安全区也垂涎三尺。在市中央，置身于炮火硝烟之中的圣马德伦教堂巍峨耸立，竭尽全力庇护来此避难的人们。神父不愿离去，法比（张嘉译 饰）硬撑着留下来陪伴。生活在最底层的玉墨（宋佳 饰）、春池（高叶 饰）、豆蔻（张可佳 饰）等人辗转来到教堂，可即便落难如斯仍不免遭受其他同胞的蔑视和嘲讽。
贞元年间，因掌管人、妖两界的白泽神女意外身亡，白泽令不知所踪，妖兽在人间肆意流窜，作恶多端，且发生越来越多血腥凶案。此时已化为人形的百妖之首“朱厌化名赵远舟，主动“投诚”，提出协助朝廷组建缉妖司，缉妖平乱。文潇带着对赵远舟的防备与怀疑加入缉妖司，与青梅竹马的缉妖司领事、精通探案和剑术的卓翼宸;曾是崇武营猎妖人的高冷弓箭手裴思婧;精通医术善良且怂的神童大夫白玖一道，组成了缉妖司捉妖小队，《山海经》 中所记载的妖兽一 一出现在众人面前。在破案过程中，众人逐渐发现妖兽作恶背后的残酷真相。一边是天下大任，一边是爱人归于尘土，缉妖小分队坚不可摧的情谊、大荒顶级妖兽与神女的爱情是否能打破这种两难抉择?
