《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
凯·渚，一个普通的高中女生，梦想着有一天成为职业摔跤手。突然，一个名叫伊克塞尔的机器人找到了她。伊克塞尔催促她帮助拯救地球，抵御被称为“盖亚斯”（Geas）的外星人入侵。以卡奥斯（Chaos）和克罗斯（Cross）为首的“盖亚斯”一心想掠夺地球的资源，最终将其摧毁。为了对抗入侵者，渚必须与伊克塞尔合体，成为一名身着战斗服的战士，名为“伊克塞尔狮”（Iczelion）。她不愿接受这项突如其来的不可思议的任务，不愿与其他地球上的伊克塞尔狮一起战斗，因为渚只想过着普通的生活，不想承担如此重大的责任。渚必须克服恐惧，与其他伊克塞尔狮并肩作战，阻止外星入侵势力摧毁他们的家园地球。
