近未来的东京，有着一个为了夺取“最强武器”而建立的两大组织，以开发最强兵器为目的的导示重工，和通过操控遗传因子来制造优秀人类的NSWF。他们的共同目的只有一个，就是得到那个拥有着最强威力、并且只有通过被选中的女人才能操纵的终极武器“WITCHBLADE”。地震灾害的6年之后……天羽雅音、梨穂子 ，两人幸福的生活着，但是，等待着她们的却是，WITCHBLADE那暗之力的召唤，以及异常残酷的命运……
宇宙流浪汉李约素无意中发现了多年前失踪的移民飞船“上佳”号，并目睹了令人惊惧的异常现象……人们逐渐发觉了正在逼近人类的巨大危险，几经周折最终科尼尔星域各方势力不得不合力应对强敌。孰料，异族的强大超乎想象，科尼尔星域人类在全军覆没之际，只得派出李约素向银河之心的强大人类文明求救……
武道初兴之时，恐怖的异兽入侵，人类武者节节败退。陆圣穿越而来，在梦中进入一万年后的世界：一万年后的基础炼体术，经过改版，效果是现在的几千倍！一万年后的呼吸法、炼体药方、武学圣典…… 让陆圣成为人类唯一的火种！
有一天在美味小镇突然出现“儿童午餐主题公园・多莉米亚”。虽然由依一群人享受着饭团塔、面包摩天轮、拉面过山车等以食物为主题的游乐设施，但是玛丽变成布娃娃等等异变，都发生在园内……
