近未来的东京，有着一个为了夺取“最强武器”而建立的两大组织，以开发最强兵器为目的的导示重工，和通过操控遗传因子来制造优秀人类的NSWF。他们的共同目的只有一个，就是得到那个拥有着最强威力、并且只有通过被选中的女人才能操纵的终极武器“WITCHBLADE”。地震灾害的6年之后……天羽雅音、梨穂子 ，两人幸福的生活着，但是，等待着她们的却是，WITCHBLADE那暗之力的召唤，以及异常残酷的命运……
故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..
这个系列讲述了一队古代英雄保护世界免受不祥力量的袭击。纵观历史，独角兽象征着美德，似乎确保了善的统治。当我们的英雄们苏醒得太早的时候，他们发现自己在青少年的身体里。因此，他们对自己的记忆和几个世纪以来独角兽的历史都被破坏了，一些魔法能力被削弱和支离破碎。他们不仅要保护世界不受普遍的黑暗影响，还要在面对青少年焦虑和情绪带来的意想不到的笑声和幽默时做到这一点。
圣迹之地选拔赛结束后，周元和夭夭前往苍玄宗。入宗要先做外山弟子，再参加选山大典，根据成绩选择苍玄七峰，成为正式弟子。 周元和夭夭成为外山的一等弟子，并一一化解敌人的刻意刁难，显露自己的实力。同时，他们与沈万金、顾红衣等人结为好友。 选山大典，周元力压各路天骄，勇夺第一名。但让众人震惊与不解是，周元选择了苍玄七峰里最弱的圣源峰。 这是因为在圣迹之地时，前任宗主苍玄老祖指引周元前往圣源峰寻找苍玄圣印的第二道圣纹。 圣源峰资源匮乏。周元为获取修炼资源，主动请缨参加紫源洞府的资格赛。在获得了洞试资格后，与夭夭一同前往源池历练。
