近未来的东京，有着一个为了夺取“最强武器”而建立的两大组织，以开发最强兵器为目的的导示重工，和通过操控遗传因子来制造优秀人类的NSWF。他们的共同目的只有一个，就是得到那个拥有着最强威力、并且只有通过被选中的女人才能操纵的终极武器“WITCHBLADE”。地震灾害的6年之后……天羽雅音、梨穂子 ，两人幸福的生活着，但是，等待着她们的却是，WITCHBLADE那暗之力的召唤，以及异常残酷的命运……
“夜晚尚未结束” 光克服了成为吸血鬼的困惑，决定“喜欢”荠菜，而荠菜也决心要让光“爱上”她。在完全不理解“爱”为何物的他们看来，夜晚的节奏却加速了。计划杀死吸血鬼的侦探莺莺（Uguisu Anko）的手正在逼近。吸血鬼的弱点是“人类时期所依附的东西”。他们试图提前摆脱这个弱点，但荠菜却对她作为人类的生活毫无记忆。荠菜隐藏的过去是什么？为什么安子开始杀死吸血鬼？荠菜和安子之间又有着怎样的“秘密”？光、荠菜、安子……一个新的“夜晚”开始了，而它不会以一个快乐的“深夜”结束！
二阶堂明本来是个笑起来很阳光的男孩，很受欢迎。但初中一次意外事件，给他留下了严重的心理创伤。上高中后，他整个人变得死气沉沉，也不与人打交道，犹如从伊藤润二漫画中走出的男子，传闻跟他搭话就会变成秃头。大家对他避之不及，但偏偏有人不信邪，要去找他搭讪……
