年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。
天外陨石引发全球海啸与红雾变异，海洋沦为吃人炼狱。幸存者林渊遭女友背叛、被“好兄弟”抛弃，却在绝境中觉醒SS级基因能力“机械主宰”，可拆解万物升级载具。他从破木筏起步，一路猎杀海兽、血洗海盗、解构沉船升级为导弹驱逐舰，以现代重火力碾压畸变怪物与异教徒。
