年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。
日本各地出现了异空间「魔都」──由于只有女性能从魔都的「桃」得到特异的能力，因此便由女兵组成了「魔防队」。某一天，过着抑郁生活的男高中生──和仓优希不小心闯进了突发性产生的魔都入口，在那里，遇到了「魔防队」第七组的美丽队长──羽前京香，而她竟向优希宣言：「我要你当我的奴隶。」
“我被冥界拉黑了，所以死不了。”因为某种原因，他被冥界禁止入内，无法回归冥界。为了回到冥界，他开始将幽灵拥有的“灯火”收集到自己的灯笼里。这个神秘的“自称仙人”——鼹鼠（百暗桃弓木），行踪诡异。据说，遇到他的人会开始看见一些奇怪的事物……
