年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。
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舞台是在某个国家的某个地区莫斯特城市。在陈旧大楼的二楼有一家发行《月刊妄想科学》的小出版社。《月刊妄想科学》是一本异想天开，报道“真是吓人一跳！”的事件、即使是科学家也会发出“要不行啦！”声音的超科学现象的科学杂志。工作人员只有帅哥主编兼编辑的塔罗·J·铃木。再加上小学生助手吉罗·田中和狗狗三郎。编辑部一直是空的，塔罗、吉罗和三郎都沉浸在同一栋大楼1F的咖啡馆《岩石（ROCK）》中。有一天，科学家戈洛·佐藤前来咨询，由此开始了一个异想天开的故事……。
萧炎初入中州奇遇不断，实力一路高进。为寻找药老昔日挚友风闲，萧炎独闯四方阁大会脱颖而出震惊全场，风闲许诺定会全力协助萧炎营救药老。冰河谷垂涎厄难毒体疯狂追捕小医仙，萧炎怒歼对手双方结下不解之仇。 冰河谷怀恨在心勾结魂殿大肆围攻萧炎，危急关头萧薰儿破空现身强势出手，携古族之威雷霆退敌，两人互诉衷肠后不舍暂别。丹会如期召开，萧炎力压一众竞争者荣获冠军。不料丹塔异宝三千焱炎火意外失控，萧炎力挽狂澜挫败魂殿计划，惊险降服火灵再添一大助力。药老被魂殿暗中转移至亡魂山分殿囚禁，萧炎不惧强敌立即集结人马抢攻，数轮恶斗后终于成功救出药老，师徒再度相聚但萧炎却付出巨大代价仅存一线生机。
