年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。
海宝是彩虹城的守护者，是帮助人类的精灵，有超能力，能够解救人类，看上去憨厚可爱，实则大智若愚。有一天，玩偶星球派来了破坏者丑丑，作为彩虹城的守护者，海宝与丑丑展开了战斗，这是故事中一对主要的冲突角色。但丑丑并不是简单的反面形象，他来自外星球，那个星球因为发展模式出现了问题遭遇了困境。玩偶星球的生物已经丢失去了原本所具有的真情实感，但丑丑的内心中藏有美好的东西，因此，最终被海宝和彩虹城的人们感化。
