魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
与人斗：大黑，你去当诱饵！二驴子，你踹他屁股，我敲丫后脑勺！与鬼斗：大黑，吐血喷它！二驴子，放屁熏它，我用神火霹雳丹炸它！与妖斗：大黑，五步倒三倍量！二驴子，捆妖绳，迷魂阵伺候，我锅呢？与仙斗：大黑，不要莽，苟一波！二驴子，不要怂，驴死吊朝上！我还有事，先走一步！与天斗：其乐无穷。吴北良：仙草、灵气、鬼晶，妖丹都是我的，谁敢抢试试？二驴子，关门，放大黑！一人一驴一狗去修仙。
导游事业屡屡不顺的光头强偶然捡回丢失的缩小手电筒，为吸引游客他建造了一个微观乐园。正当他带着缩小后的两熊去体验微观乐园时突遇暴风雨，缩小手电筒意外丢失了……
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