魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
中都凌霄阁试炼弟子兼扫地小厮杨开因资质不佳被贬为试炼弟子，三年内若无所成就将被逐出宗门。杨开偶然间获得了神秘石枕，开启了傲骨金身等神秘技能，在其后不断修炼，以其少年人坚韧不屈的性格突破自身极限，最终站到了传承洞天的顶端。杨开与苏颜一同继承了玄妙功法，接续开启他成为传奇触及武炼巅峰的故事。
