魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
三年级小学生旋风刚转学，来到新城市，发现这里的人都非常沉迷陀螺竞技，并人手都有名为斗魂仪的陀螺竞技系统。有一天，旋风意外得到了一个魔幻陀螺，并发现了其中有生命的斗兽魂焰天火龙王。在陀螺竞技的过程中，旋风发现了陀螺制作公司的阴谋，并认识了左影、卡隆等魔幻陀螺手。为调查创幻公司背后的阴谋，旋风决定和伙伴们一起参加魔幻陀螺战榜巅峰赛；同时，一个神秘的面具人出现了，四处控制魔幻陀螺手，收集魂力值，意图觉醒超级斗兽魂。究竟谁是面具人，旋风和小伙伴们能不能冲击上榜，又能不能打破创幻公司的阴谋。
