《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
与七大不可思议中的第七号、“厕所的花子”中的花子君结下不解之缘的少女：八寻宁宁。驱魔师一族的少年：源光。两人与花子君一起，为了将发生异变的七大不可思议以及怪异的传闻恢复原状，每日奔忙不停。忽一日，花子君说道：七大不可思议中出了背叛者。宁宁等人为了找出背叛者，开始逐一摧毁七大不可思议的依附物。他们已经摧毁了第二号“岬的楼梯”以及第五号“16时的书库”，剩下包括“厕所的花子”在内的五个…而在暗中，花子君的弟弟司，召集了七峰樱、日向夏彦、以及新成为七大不可思议第三号“镜地狱”的三叶，接近了宁宁等人尚未找到的七大不可思议……
